¿WINE for Linux protege las aplicaciones de Windows instaladas?

Es un emulador de Windows, no un antivirus, por lo que la respuesta es NO.

Puede estar expuesto a virus de Windows ejecutando una aplicación de esta manera y, por esta razón, prefiero ejecutar Windows en VM a través de VirtualBox.

En una máquina virtual, todo se limita a un entorno seguro y su sistema operativo físico no se ve afectado por el malware u otros problemas, en caso de que las cosas vayan al sur.

No, no es así. El rendimiento también es una preocupación con Wine en Linux.
Aunque las aplicaciones se pueden instalar, el retraso durante su uso es bastante común y los problemas de resolución también son frecuentes.
Es mejor preferir las aplicaciones nativas que la instalación en Wine.

No, Wine no está diseñado para resistir el software malicioso. Teóricamente, podrías poner en una caja de arena las aplicaciones de Windows que se ejecutan en Wine utilizando un estricto SELinux pollicy, pero eso también se aplica a las aplicaciones Linux y es otra cosa. En la práctica, el sandboxing seguro es difícil, especialmente para aplicaciones GUI.

WINE no protege nada. No soy un gran experto, pero por lo que sé, los virus fabricados para Windows no pueden dañar a Linux (Vladislav Zorov también mencionó algo sobre estas líneas).

Una cosa sin embargo. ¿Por qué querrías usar WINE? Desde mi modesta experiencia, nada bueno salió de eso. Fue bastante inútil.

Tal vez de algunos, donde las diferencias en la implementación hacen que el virus no funcione, pero al menos en mi distribución, cuando instalo Wine, recibo una recomendación para instalar un antivirus (lo cual es gracioso).

Recuerde, “Wine” significa “Wine Is not an Emulator”, solo proporciona la API de Windows, pero los ejecutables se ejecutan directamente en el hardware. Mientras que un malware profundiza en Windows y puede confundirse con lo que encuentra, si solo quiere copiar archivos a las carpetas de otros programas, eso es totalmente compatible.