Esta es una respuesta caso por caso, pero la mayoría diría que sí. La razón es que, en un caso, obtienes un sabor metálico o mineral que a veces se cuela, que no tienes con el vidrio.
Otros discuten sobre la carbonatación o la cantidad de aire que también entra a la boca a medida que se bebe, amplificando aún más el sabor. Honestamente, el gusto es preferencia personal.
Prefiero mi refresco en una botella de vidrio con azúcar natural. A otros les puede gustar en una botella de plástico con el azúcar artificial. Todo simplemente depende del bebedor.