Los desechos industriales orgánicos incluyen una serie de materiales orgánicos obtenidos de la operación industrial y comercial. Los desechos industriales orgánicos, ya sean líquidos o sólidos, son un buen sustrato para la generación de biogás mediante el uso del proceso de digestión anaeróbica. La digestión anaeróbica de desechos industriales orgánicos está ganando popularidad rápidamente en todo el mundo. Muchas industrias producen desechos líquidos y sólidos que son adecuados para la digestión anaeróbica, como el procesamiento de alimentos, productos farmacéuticos, productos químicos orgánicos, fabricación de papel y las industrias de curtiduría.
El uso de la tecnología de biogás para el tratamiento de aguas residuales está aumentando rápidamente para el tratamiento de aguas residuales industriales. Existen numerosos sistemas suministrados por proveedores en funcionamiento o en construcción en todo el mundo. Se han identificado más de 30 formas de industria que tienen aguas residuales susceptibles de tratamiento de digestión anaeróbica, incluidos los procesadores de bebidas, productos químicos, alimentos, carne, leche, pulpa y papel y productos farmacéuticos.
Algunos de los residuos pueden ser difíciles de digerir como único sustrato, sin embargo, pueden degradarse bioquímicamente en combinación con lodo o lodo de aguas residuales. La digestión combinada de diferentes desechos se llama co-digestión.