¿Por qué algunas semillas son monocotiledóneas, y algunas son dicotiledóneas?

Es simple evolución. Las primeras plantas con flores, que incluían ancestros directos de magnolias, sasafrás y nenúfares, eran dicotiledóneas. Bastante temprano en la evolución de las plantas con flores, ocurrió una mutación casual que produjo una planta con una sola hoja de semilla. La evolución en esta línea, ya sea antes o después de ese evento, también incluyó la tendencia a tener hojas con muchas vetas paralelas y partes de flores en múltiplos de tres (estos fueron probablemente los dos eventos posteriores).

Dividir las plantas con flores entre las dicotiledóneas y las monocotiledóneas, entonces, es crear un grupo monofilético, las monocotiledóneas, que están todas claramente relacionadas, y un grupo parafilético, las dicotiledóneas, lo que significa que al grupo le falta al menos un grupo que se necesitaría para convertirlo en un grupo naturalmente relacionado. Las plantas con flores tienen una cascada cladal que va así (del sitio web Tree of Life, Angiosperms (todo en este diagrama, excepto las monocotiledóneas, podrían considerarse dicotiledóneas):

En verdad, los magnolids probablemente deberían mostrarse como una rama anterior, no como una rama concurrente con las monocotiledóneas. Los eudicots están entonces mucho más divididos. los magnolides, Chloranthaceae, Ceratophyllaceae, Austrobaileyales y Nymphaeaceae son todas dicotiledóneas que divergieron cuando o antes de que las monocotiledóneas divergieran como un grupo.

¿Cuál es el diagnóstico principal aquí, por cierto? Flores. Las plantas con flores se clasifican en gran medida sobre la base de sus flores, y han sido desde Linneo.