¿Es seguro comer un tomate cuando las semillas adentro brotan?

Sí. Los he probado No está mal.

Pero no si está moldeado, dividido, tiene una infestación de insectos o está fermentando (huele mal). La semilla brotará dentro de la fruta en algunas variedades cuando la temperatura ambiente sea alta y la fruta se haya mantenido a una temperatura alta, como un alféizar soleado.
Esto generalmente ocurre en un esfuerzo por hacerlo lo más maduro posible, ya sea por sabor, o para guardar las semillas para la replantación.