¿Es el capuchino más saludable que el café?

No, el café con leche no es más saludable que el café. El café es café. Cappuccino está hecho con café.

No.
La leche y sus ingredientes (azúcares, grasa) tienen algunos “efectos secundarios” (por ejemplo, intolerancia a los lactosa, diabetes, problemas de peso debido al alto contenido de grasa). Por supuesto, estos efectos no son comunes, sin embargo, la mayoría de ellos no significa causar efectos graves, en común.
Por cierto, la diferencia es mínima. De Verdad.