Lo primero es lo primero, no tendemos a beber etanol puro ya que es tóxico, pero en respuesta a su pregunta si diluimos ese etanol a una concentración igual que el Vodka por ejemplo, entonces podríamos seguir adelante con su experimento.
Suponiendo que todas las demás condiciones fueran las mismas entre el conjunto A y B, entonces sí, el conjunto que obtiene etanol ganaría peso (si se mantuviera el conjunto B). Esto se debe a que el alcohol contiene un valor energético, es alrededor de 7 Kcal por ml.
En términos de cómo le da energía, la ruta es bastante compleja, pero en pocas palabras, el etanol se metaboliza a acetaldehído, luego a ácido acético y luego a acetil-CoA. Este último se utiliza para la energía derivada del ciclo del ácido cítrico.
Entonces, sí se descompone en algo que libera energía y al hacerlo en un sistema donde la energía liberada excedía la utilizada, contribuiría a un aumento de peso. En todo caso, afecta el metabolismo de los lípidos más que los carbohidratos. El consumo de alcohol con el tiempo puede elevar sus niveles de triglicéridos, pero también su colesterol HDL (bueno).