No uso Adobe After Effects, así que realmente no puedo responder a esto excepto con lo siguiente:
Si actualmente funciona con WINE y no causa problemas, entonces ¿por qué no?
Si lo está usando profesionalmente, entonces probablemente le daría a After Effects los requisitos que pide. Esto sería especialmente importante si tiene un problema con el hecho de que no funciona, y se comunique con Adobe para informarle que no está funcionando, y luego descubrirá que realmente no está ejecutando Windows.
Si no necesita muchos recursos y tiene muchos recursos de sobra (mucha RAM, CPU, almacenamiento), una máquina virtual puede ser otra opción.
Si es completamente personal, entonces realmente no importa.