Debe hacerse una distinción entre los fertilizantes no manufacturados y los fabricados. La pregunta probablemente asuma los fertilizantes que se fabrican como compuestos de nitrógeno, fósforo y potasio, pero el abono de plantas y animales también son fertilizantes.
Algo de lo que escribió Addison Manning es cierto, pero solo cuando los fertilizantes se usan en exceso. En realidad, si se usan con el riego y el drenaje apropiados y una aplicación adecuada, los fertilizantes pueden mejorar la estructura del suelo y la materia orgánica y, sin duda, aumentar los rendimientos. Sin embargo, en exceso, pueden destruir la comunidad biológica en el suelo y, si no están unidos a los agregados del suelo, el N y el P crean problemas en las aguas receptoras (arroyos y lagos). Los altos niveles de nitrógeno en las aguas subterráneas crean graves riesgos para la salud, mientras que el alto contenido de fósforo en los lagos genera ciclos de eutroficación.
Una de las formas más importantes en que los fertilizantes (fabricados) impactan el medio ambiente está en su producción. El fertilizante de nitrógeno consume mucha energía y utiliza alrededor del 1% de la producción mundial de energía. En la medida en que la producción de energía es uno de los principales factores en el cambio climático, esto representa un gran impacto negativo.