¿Por qué el pan tiene agujeros?

El pan está preparado y fermentado con levadura. La levadura es un hongo que principalmente hace lo siguiente:
1. Airea la masa produciendo dióxido de carbono.
2. Saborea el pan al producir alcohol.

Por lo tanto, cuanto más demuestre (fermente) la masa de pan, cuanto más se produzca la cantidad de dióxido de carbono, más se elevará produciendo agujeros más grandes. (y más sabor)

Básicamente es aire que queda atrapado en la masa que se mantiene en su lugar gracias a los hilos de proteína y gluten que se forman y expanden a medida que el aire se llena. Una buena harina fuerte tiene un alto contenido de gluten que le da más elasticidad que atrapa más aire lo que resulta en más agujeros. (¡Uf!)

Cualquier pan con levadura TIENE que tener agujeros. El tamaño y la estructura de estos agujeros están controlados por diversos factores como la calidad de la harina, el tiempo de fermentación, el contenido de agua, el contenido de levadura, etc. El pan sin levadura no tiene agujeros porque no tiene nada que atrape el aire o para hacerlo subir.
El pan con cualquier otro tipo de levadura como bicarbonato de sodio o polvo de hornear también tendrá agujeros, aunque pequeños.