Creo que te refieres a la corona, no al tallo (el lugar donde se corta la piña).
No estoy en la industria, pero creo que se reduce a costos y facilidad de manejo.
La piña es muy áspera al tacto y tiene pequeñas hojas espinosas parecidas a espinas en la superficie. Ser capaz de manejarlos por la corona hace que sea mucho más fácil de agarrar y permite que los manipuladores entren en contacto con una fruta pequeña, de forma extraña, parecida a un balón de fútbol (es decir, son difíciles de agarrar con una mano, especialmente si tienes manos pequeñas) )
Cuando los apilan unos sobre otros (como en un camión), las hojas se colapsan fácilmente, por lo que no presentan problemas de almacenamiento, per se. Tener que romper la corona implica otro paso, que agrega costos no deseados al proceso de fabricación.
Por esas dos razones, creo que esa es la razón por la que los dejan.