¿Cuál es la diferencia entre hornear una masa de pizza primero y luego cubrirla con salsa + queso frente a masa de pizza para hornear con salsa + queso ya en la parte superior?

Preferencia personal, estilo y equipamiento.
Ambos métodos son viables y dependen del equipo a mano y el estilo de pizza que pretenda hacer puede funcionar mejor o peor que el otro.
La pizza es un término flexible que ha evolucionado con el tiempo para incluir muchas iteraciones y clasificaciones. La pizza es un pan plano, así que la pizza de pan plano es redundante, pero por lo general se usa para dar a entender que la pizza se hizo sobre un pan plano ya hecho. La pizza napolitana es el estilo de pizza más común y donde comenzó la pizza moderna, pero la pizza napolitana tradicional se hace con los tomates Marzano y la mozzarella di Bufala Campana. La pizza siciliana es una pizza gruesa con corteza, focaccia o un plato profundo que fue muy popular en Sicili en el siglo XVII. No fue horneado dos veces, pero debido al largo tiempo de cocción, algunos restaurantes modernos precocinaron una masa en blanco para ahorrar tiempo.

Ambos son métodos valiosos para la cocina de pizza. Las cortezas de pizza sicilianas se hornean primero.

Realmente depende de qué equipo tenga disponible. Diferentes equipos producen diferentes resultados. Un horno casero sin piedra para pizza, no supere los 350 F y hornee la corteza hasta que esté cocido pero no dorado.

¿Tienes una piedra? La masa cruda es el camino a seguir, 475F.

El agua en la salsa evitará que la parte superior se oscurezca, mientras que hornear la masa sola hará que se dore por todas partes.
Sin embargo, cubrirlo con queso después probablemente significaría que el queso no se habría derretido y que la salsa podría enfriar la costra.