¿Hay cosas que saben, huelen y se ven casi exactamente iguales, pero no son lo mismo?

Depende de cuán lejos quieras llegar a la semántica realmente. Por ejemplo, un fusilli y una pasta penne probarán, ollarán y se verán casi idénticos, pero las formas los hacen diferentes.

Confundo el hinojo con semillas de anís. Son similares, y descienden del mismo género, pero no son lo mismo: http://www.differencebetween.net

Gemelos.
Si hablamos de comida, solo especies estrechamente relacionadas. Mandarinas y mandarinas. Jibias y calamar. Tomates cherry y uva Pollo y pavo.