Si aplastaras un trozo de pan, ¿se comprimirían los átomos del interior?

La mayor parte del aplastamiento sería simplemente presionar el aire entre los pedazos de almidón y proteína. Una mayor compresión acercaría las capas de electrones, lo que resultaría en una fuerza de repulsión. Esta es la fuente de elasticidad en los materiales. Supongo que las capas electrónicas en los átomos estarían muy, muy, muy, ligeramente distorsionadas por la fuerza repulsiva de los átomos vecinos.

Para realmente aplastar átomos, necesitas una estrella enana blanca.

Las moléculas estarían más juntas. Los átomos que componen las moléculas no estarían más cerca el uno del otro ya que la configuración de los átomos está aproximadamente fija en relación entre sí en las moléculas.