¿Por qué son verdes los guisantes?

No todos los guisantes son verdes. Algunos son realmente amarillos. De hecho, ese hecho jugó un papel importante en el descubrimiento de la herencia genética de Gregor Mendel. El color verde es de hecho de la clorofila, que es probable que exista desde la embriogénesis temprana. Puede desempeñar un papel en la eventual germinación de la vaina de guisante.

En el caso de un guisante verde, recuerde que no siempre está en una cápsula, y las cápsulas no son totalmente opacas. Las vainas se abren, dejan pasar la luz, los guisantes caen al suelo.

En guisantes silvestres, el punto darwiniano es que hay una ventaja de supervivencia. Esto puede ser extremadamente complejo y estar relacionado con factores como la exploración de animales y parásitos, etc., y no solo la probabilidad de germinación.
Muchas biomoléculas están involucradas en más de una vía. Muchos genes regulan más de una función.

Si hubiera simplemente un costo y ninguna ventaja, entonces la característica se desvanecería. No todos los rasgos inútiles desaparecen inmediatamente, por supuesto.

El guisante se cultiva, por lo que la medida de la aptitud de un guisante no es como lo era hace miles de años.