Como mencionó Luba, los sabores son diferentes, y el kéfir tiene trazas de alcohol. Kefir es típicamente más agrio. También es generalmente menos espeso (más de una bebida), aunque es posible aumentar el grosor del kéfir hasta obtener una consistencia similar a un pudín.
El kéfir tiene niveles mucho más altos de probióticos, una mayor diversidad de microorganismos, y algunas investigaciones han descubierto que al menos algunos organismos kéfir pueden sobrevivir en el tracto digestivo y colonizar el colon.
El kéfir es fácil de hacer porque es mesofílico. En contraste, el cultivo de yogur más común requiere 110-115F para crecer. Cabe señalar que hay otros productos lácteos fermentados mesófilos (como matsoni, viili, skyr, filmjolk, piima y langfil) que a veces se llaman yogurt.