Las plantas de fruta doméstica son diferentes de las variedades silvestres a través de la selección artificial (esto es lo que queremos decir con la domesticación).
En un entorno natural, la evolución selecciona rasgos basados en la ventaja de la reproducción. Una planta de fructificación generalmente tiene una reproducción óptima cuando la fruta atrae mejor a la criatura en la distribución de los alimentos que la semilla, y donde no se usa gran parte de la energía de la planta para hacer la fruta.
Los humanos reconocieron en algún momento que así era como funcionaban las cosas (mucho antes de Darwin), y comenzaron a ahorrar el más grande, jugoso y sabroso de cada cultivo y replantarlo en lugar de hacerlo con sus compañeros menores. Esto selecciona los genes asociados con esos rasgos y básicamente está dirigiendo la evolución de la planta. Muchos cultivos modernos que hoy se cultivan están tan alejados de la configuración óptima para su nicho ecológico que apenas podrían sobrevivir sin intervención humana. Casi cualquier cosa cultivada en una granja moderna se extinguiría después de unas pocas temporadas sin que un granjero la cultive.
