La dieta de su madre durante el embarazo y su dieta como un bebé pueden afectar su epigenoma de maneras que se adhieren a usted en la edad adulta. Los estudios en animales han demostrado que una dieta con muy poco ácido fólico o colina que dona metil antes o justo después del nacimiento causa que ciertas regiones del genoma sean submiladas de por vida.
Para los adultos también, una dieta deficiente en metilo conduce a una disminución en la metilación del ADN, pero los cambios son reversibles cuando se agrega metilo a la dieta.
Los experimentos en ratones muestran cuán importante es la dieta de la madre en la formación del epigenoma de su descendencia. Todos los mamíferos tienen un gen llamado agutí . Cuando el gen agouti de un ratón no está completamente metilado, su pelaje es amarillo y es obeso y propenso a padecer diabetes y cáncer. Cuando el gen agouti está metilado (como ocurre en ratones normales), el color del pelaje es marrón y el ratón tiene un bajo riesgo de enfermedad. Ratones amarillos gordos y ratones marrones flacos son genéticamente idénticos. Los ratones gordos amarillos son diferentes porque tienen una “mutación” epigenética.
Cuando los investigadores alimentaron a las ratones amarillas embarazadas con una dieta rica en metilo, la mayoría de sus cachorros eran marrones y se mantuvieron saludables de por vida. Estos resultados muestran que el ambiente en el útero influye en la salud de los adultos. En otras palabras, nuestra salud no solo está determinada por lo que comemos, sino también por lo que comieron nuestros padres. 
Los productos químicos y los aditivos que entran en nuestros cuerpos también pueden afectar el epigenoma. El bisfenol A (BPA) es un compuesto utilizado para fabricar plástico de policarbonato. Se encuentra en muchos productos de consumo, incluidas botellas de agua y latas. Cuando en 2008 aparecieron informes controvertidos que cuestionaban la seguridad de BPA, algunos comerciantes dejaron de llevar productos fabricados con BPA.
Cuando las madres agouti amarillas embarazadas fueron alimentadas con BPA, nacieron más bebés amarillos e insalubres de lo normal. La exposición al BPA durante el desarrollo temprano había causado una disminución de la metilación del gen agutí.
Sin embargo, cuando los ratones amarillos preñados expuestos a BPA se alimentaron con alimentos ricos en metilo, la descendencia fue predominantemente marrón. La suplementación con nutrientes maternos había contrarrestado los efectos negativos de la exposición.
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