Realmente no sé mucho sobre el pan de masa fermentada, pero esa explicación parece muy poco probable. Como dijiste, estás lidiando con una baja actividad de agua, y nuevas bacterias serían introducidas solo en el exterior del pan. La adopción de genes ocurre muy regularmente, pero solo bajo ciertas condiciones.
Una explicación más plausible sería que, o bien algunas enzimas responsables de la acidificación sobrevivieron al proceso de cocción, o bien que el pan solo sabe más agrio, pero en realidad no se vuelve más agrio, debido a las reacciones entre los compuestos creados antes del horneado.
Repito, no hay ningún experto en este tema, solo estoy usando mi conocimiento sobre tecnologías alimentarias para proponer algunas hipótesis.
