A temperatura ambiente, las únicas alternativas que veo son aumentar la acidez hasta un punto en el que la mayoría de los microbios tendrá problemas o agregará azúcar hasta que esa sustancia elimine a todos los microorganismos que tengan la mala suerte de ingresar. Como la miel lo hace La sal haría lo mismo, pero probablemente sea indeseable para el puré de fruta …
Mantenerlo en un recipiente hermético y opaco, posiblemente al vacío, también debería ayudar mucho.