En la mayoría de los casos, no hay nada de qué preocuparse. Enjuagarlo completamente nunca es una mala idea, si le preocupan los contaminantes. Obviamente, si está podrido, no lo coma.
Pero, realmente no lo sabes con seguridad sin realizar una prueba de toxicología. A menos que sospeche que alguien le ha presentado una manzana envenenada, probablemente sea seguro comerla. No se sabe de muchos enfermos de manzanas en estos días.