Bueno, no es SF, pero si te refieres ampliamente a la región de San Francisco (y un paseo fácil de BART de 20 minutos) probablemente sea Ippuku en Berkeley.
Solo un par de años, pero SFGate / Chronicle lo ubica entre los mejores 100 restaurantes del Área de la Bahía en 2011:
http://www.sfgate.com/cgi-bin/li…
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¿Cómo se diferencia el shabu-shabu japonés del bote caliente chino?
Hasta ahora, el mejor sitio de Izakaya en el que he estado es Nojo http://www.nojosf.com en Hayes Valley, que abrió hace unos meses. Sardinas con incrustaciones de Panko, pequeños trozos de pollo estilo karaage frito, cerdo y gyoza. ¡Es bueno!
Prueba Chotto en la Marina. Gran ambiente y la comida es excelente. Ve por el Ramen.
http://www.heardabout.com/san-fr … 
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