Me gustaría prologar diciendo que toda esta respuesta es anecdótica, y no soy ni un médico ni un especialista en enfermedades transmitidas por los alimentos.
Cada vez que voy a un país nuevo y como lo que comen los locales, me enfermo. La primera vez que me enfermo, generalmente es bastante malo. Cuando sucedió la última vez, aquí en Vietnam, me acosté durante lo peor (alrededor de 16 horas) sudoroso, adolorido, a veces alucinante. Me sentí cerca de la muerte. Estuve enfermo por 3 días. El siguiente fin de semana volví a estar enfermo, pero no tanto. Esta vez fue un dolor moderado de estómago y diarrea durante aproximadamente un día y medio. El próximo fin de semana (¿está notando un patrón? Tendía a salir con mis compañeros de trabajo locales los viernes por la noche) Estuve levemente enfermo durante medio día más o menos. Ahora puedo comer cualquier cosa que me gusta y no he estado enfermo por una enfermedad transmitida por los alimentos en casi un año y medio. Esto también sucedió en países anteriores que visité, como India, Filipinas y Corea del Sur.
Así que … sí, si eres nuevo en Japón y comes lo que comen los japoneses locales, hay muchas posibilidades de que termines envenenado con comida. ¿Por qué? No estoy seguro. Puede tener algo que ver con diferentes cepas de E. coli (u otras bacterias transmitidas por los alimentos). Por otra parte, podría estar fuera de la base.
