¿Cómo cambia la estructura fisiológica de un animal con una dieta alta en proteínas y niveles elevados de actividad?

Depende de cuál es el cambio y si ese cambio tiene una base genética.
Si, por ejemplo, hay un cambio (mutación) en los genes del animal que le permite al animal crecer más músculo que sus compañeros, entonces ese gen puede transmitirse (pero también puede no transmitirse) a la descendencia del animal. Sin embargo, la descendencia no nacerá con más masa muscular, pero tendrá el potencial de alcanzar un alto nivel, al igual que sus padres (suponiendo que otros genes heredados no interfieren).

Es como un fisicoculturista y sus hijos. Pueden estar predispuestos a ganar músculo fácilmente, pero si nunca levantan un peso, entonces probablemente no sean muy musculosos.

Esta idea es uno de los conceptos fundamentales de la evolución y la herencia: la información genética pasará de padres a hijos, pero los rasgos particulares adquiridos por los padres a lo largo de su vida no serán heredados.