Una Margherita tradicional tiene mozzarella fiore di latte que es una mozzarella hecha con leche de vaca (gracias a Mark Melville por corregir mi respuesta original). Puede solicitar en algunas pizzerías italianas, mozzarella de búfala (mozzarella di buffala) que es mozzarella hecha con leche de un búfalo italiano. En algunas pizzerías estadounidenses encontrará mozzarella de búfala o mozzarella de leche entera.
Los tomates podrían ser Tomates San Marzano o incluso tomates frescos. La albahaca fresca se coloca encima de la pizza una vez que sale del horno. Esta pizza es, en general, cómo se sirve una pizza en Nápoles, Italia. Esta pizza se cocina en un horno de leña.
El movimiento Artisan Pizza en los Estados Unidos ha visto un salto en las pizzas tradicionales. Puedes encontrar una Margherita tradicional creada en muchos lugares. ¡Muchos lugares!
Todas las siguientes fotos fueron tomadas por mí o por amigos que me dieron derechos exclusivos para estas fotos.
Aquí hay una foto: (esta foto fue tomada en Kens Artisan Pizza en Portland)

O esto (tomado en Brick Fire Tavern en Honolulu)

Como puede ver, una Margherita tradicional es simple pero elegante en sabor. Aquí hay una foto de una Margherita de Italia:

Una pizza de queso podría tener cualquier mezcla de queso. En general, la pizza tendrá un queso mozzarella con poca humedad, posiblemente parmesano, romano u otra mezcla de queso.
El estilo es generalmente lo que se puede considerar una pizza al estilo de Nueva York. Esta es una foto de una pizza de queso del Pizza Corner, ubicado en Ko Olina en Oahu, Hawaii.

Aquí hay una pizza de queso de Metro Pizza en Las Vegas.

Aquí hay una pizza de queso de Pizza Expo en Las Vegas.
Pizza Expo que se celebra todos los años en el Centro de Convenciones de Las Vegas es organizada por la revista Pizza Today. El evento que dura 3-4 días presenta algunos de los mejores pizzaioli (fabricantes de pizza) en el planeta.

Espero que esto ayude a responder tus preguntas.
Mi sensación es que puedes encontrar excelentes pizzas donde sea que mires. No me refiero a las cadenas de pizzas. Ellos hacen su propio tipo de pizza. ¡Todas las imágenes de esta publicación son una gran pizza!
Para mí, la gran pizza está hecha a mano por un pizzero o un tipo de pizza o una chica de pizza que tiene pasión por hacer una gran pizza. No soy un purista, pero una vez que pruebes una gran pizza, tu vida nunca será la misma.
Si está interesado en aprender cómo hacer pizza casera simple, visite mi sitio: Pizza Therapy http://pizzatherapy.com