Supongo que te estás refiriendo a las conchas de las semillas. Algunas personas mastican y tragan las cáscaras. A veces lo hacen porque no les gusta escupir cosas de la boca (lo consideran grosero o grosero) o porque realmente disfrutan de las conchas, o se comen las conchas por el forraje (les ayuda a defecar).
La mayoría de las personas que conozco no comen las conchas porque no les gusta tragarlas. Se pierden la fibra, pero probablemente también pierden sodio extra, ya que la mayoría de las semillas de girasol se salan en las cáscaras.
No creo que una forma sea mejor que otra. Cómelos como quieras.