Cómo evitar que la leche de coco casera se separe en agua y crema, luego la crema endurecida en la parte superior cuando se coloca en el refrigerador

No creo que puedas ni deberías. La leche de coco enlatada hace lo mismo. Cubra con una envoltura de plástico si la crema en la parte superior se está secando. Cuando retire de la nevera para usar, tiene la opción de separar la crema de la leche o incorporar los dos mediante la aplicación de calor.