No va a gustar bien, y puede hacer que las cosas fallen.
Una galleta es un delicado equilibrio de reacciones químicas: levadura, formación de gluten, gelatinización, reacción de Maillard, etc. Estas reacciones químicas dependen de un equilibrio específico de ácidos, y tienen que ocurrir en un orden particular a medida que se hornea la galleta. El cacao en polvo regular es ácido; El proceso holandés de cacao ha sido tratado con álcali para neutralizar eso. Eso puede evitar las reacciones que ocurren, lo que lleva a un exceso o un poco de pardeamiento, demasiada (o muy poca) levadura, etc.
Es probable que las recetas de pastel sean más sensibles que las recetas de galletas, porque suben más. Para una cookie, lo peor que es probable que suceda es que la cookie puede desarrollar un sabor desagradable debido a los ácidos que no han reaccionado. Pero cuando la alternativa se está acabando en la tienda y está comprando lo que debería ser un producto fácilmente disponible, obtendrá resultados más confiables del esfuerzo que realiza.