¿Por qué los hoyos que como de lonchas de queso duro de alta calidad (suizo o similar) parecen tener mejor sabor que las rebanadas del mismo queso que no tienen agujeros?

Bueno, los agujeros se llaman Ojos, y el queso sin agujeros en ellos, especialmente se llaman Ciegos.
En la fabricación del queso, S. thermophilus, Lactobacillus y P. shermani (se añaden cultivos bacterianos). Ahora, en el proceso de fermentación se produce ácido láctico. Este ácido láctico es procesado por la bacteria P.shermani y libera dióxido de carbono como subproducto. Cuando el gas dióxido de carbono se escapa, deja un agujero atrás a medida que el queso se endurece.
Es el cultivo bacteriano el que proporciona el sabor distintivo.