Ciertamente puedes congelar la cebolla cruda. Sin embargo, la congelación dañará la estructura celular de las cebollas. Tienden a ser blandas cuando se descongelan. Eso puede estar bien para algunas recetas, pero no tan bueno para otros.
Continuaría y los congelaría si los cocinaran más tarde, pero no si los usaran crudos.