La diferencia entre cocinar en el microondas los alimentos durante 1 minuto frente a 2 sesiones de 30 segundos depende de ti. Si microondas tu comida a máxima potencia 30 segundos, y reinicias el microondas a 30 segundos rápidamente, casi nada. Si se toma su tiempo reiniciando el microondas a 30 segundos, entonces su comida estará significativamente menos cocinada.
La razón de esto es que las otras dos respuestas explican: en el tiempo que demora reiniciar el microondas a 30 segundos para la segunda sesión, la comida se está enfriando y la temperatura final será más baja de lo que hubiera sido si solo lo preparó en el microondas durante un minuto completo. Para algunos alimentos, esto es preferible, pero para otros, puede causar que la temperatura nunca llegue a niveles suficientes para matar las bacterias.
Para obtener más información sobre cómo funcionan las microondas, consulte mi comentario a la respuesta de Robin Clifton.